南沙港区经过多年发展,已形成包括海关、国家检验检疫(简称国检)、海事、边检、集中查验中心、南沙国际物流园区在内口岸单位,完善了南沙港区口岸通关环境。
2007年10月,南沙海事处正式成立,是广东海事局最年轻的海事处。南沙海事处内设有办公室、监管科和执法大队,下设大虎、南沙港区、横沥、蕉门四个办事处。
2008年8月南沙出入境边防检查站正式成立,隶属于广州出入境边防检查总站,主要担负南沙港区一、二期码头10个泊位,以及中船龙穴修船基地临时对外开放码头4个泊位和2个船坞的出入境边防检查任务。
2008年10月18日,南沙国际物流园获国务院批准设立,并于2009年7月9日顺利通过国家11个部委联合验收,成为广东省首个通过国家联合验收组验收的保税港区。广州南沙保税港区已于2009年8月31日开始封关运作。
2009年1月20日,南沙出入境检验检疫局正式成立,龙穴岛办事处下设综合科、检务科、监管科、船检科共4个科室。
同年3月,经国务院和海关总署批准南沙海关正式成立,业务管辖范围为广州市南沙区,南沙港区设有5个科室(审单科、船管科、查验科、物流监管科、保税业务科) 。
随着口岸单位的日渐完善,广州港南沙港区集中查验中心肩负起海关、国检、边检、海事对南沙港区货物、船舶、人员统一检验查验的场所,中心由广州港集团货运有限公司统一管理,占地面积17.3万平方米。